Organisation de la MSA : un goût d’inachevé
 
                                    En janvier 2023, la MSA comptait plus de 5 millions de ressortissants dont près de 1,3 million d’actifs employés de façon permanente dont 442 105 non-salariés agricoles (chefs d’exploitation ou d’entreprise agricole, collaborateurs d’exploitation et aides familiaux), et 821 374 salariés. 
La situation financière de la Mutualité Sociale Agricole (MSA) en 2024 est globalement équilibrée, avec un léger excédent de 0,15 milliard d’euros. Les charges s’élèvent à 33,2 Md€ et comprennent majoritairement, pour 29,1 Md€, des prestations sociales (principalement des retraites). Les produits atteignent 33,3 Md€. 
Cependant, ni les cotisations sociales, ni la contribution sociale généralisée sur les revenus d’activité affectée aux deux régimes salariés et non-salariés, ni les compensations d’exonérations ciblées de cotisations par l’Etat ne suffisent à couvrir les charges des régimes agricoles des non-salariés et des salariés, du fait d’une démographie défavorable. En 2024, les cotisations (9,7 Md€) et la CSG affectée aux régimes et notifiée par l’Acoss (1,6 Md€) ne couvrent qu’un tiers des charges. L’équilibre est donc assuré par des mécanismes de solidarité nationale, notamment les transferts du régime général (7 Md€) et la compensation démographique vieillesse (5,4 Md€). “Cette dépendance financière souligne la fragilité structurelle du modèle économique de la MSA, fortement tributaire des aides extérieures pour assurer ses missions”, concluent les Sages.
En mai 2020, la Cour des comptes avait déjà publié un rapport sur la MSA dans lequel elle soulignait que l’institution connaissait un déclin structurel lié à la démographie de ses ressortissants, et faisait l’objet d’une gouvernance spécifique qui constituait un frein au pilotage national et aux réorganisations. La Cour avait alors formulé 12 recommandations. “Si des actions ont été engagées par la caisse centrale et que des progrès sont relevés, ces recommandations n’ont été qu’inégalement suivies”, pointe le rapport de 2025.
Les résultats restent hétérogènes entre caisses, et rendent nécessaire de poursuivre les efforts de gestion, estiment les Sages. Par ailleurs, si les délais de versement des prestations, sauf exception, s’améliorent, le recouvrement des prélèvements sociaux qui, pour la Cour, était le point noir de la gestion opérationnelle de la MSA en 2020, reste un domaine d’attention en 2024. 
La Cour propose d’améliorer la qualité des services rendus aux usagers et de reconstruire la politique d'accueil. La lutte contre la fraude doit également être amplifiée. De même, elle préconise une stratégie immobilière rationalisée pour le réseau, dès 2025, car “le maintien de ce parc engendre des coûts de gestion importants”. 
Enfin, les Sages suggèrent un rapprochement systématisé avec le régime général, “que ce soit par des activités mutualisées, des outils informatiques communs et des indicateurs similaires de suivi des engagements pris dans la COG (convention d’objectifs et de gestion)”.
Malgré les efforts, la MSA est “globalement restée figée dans son organisation antérieure à 2020”. La future COG (2026-2027) devra être l’occasion d’engager des réformes structurelles.
 
                